在《忍者宿命》中，将以继承自古以来代代相传「忍者」宿命，并在现代日本暗中活跃的年轻忍者们作为故事主题，随着时间经过，过去在日本政治、经济等各方面背后暗中活跃，并拥有极大影响力的忍者们，依然维持着独自的规则，在不被任何人注意的日常生活里暗中执行各种严酷的命运。

　　然而，随着时间经过，忍者存在的意义逐渐消失，面临变革的忍者生态，却因为千年来继承的血脉规范而成为年轻忍者们无法脱逃避免的诅咒，并束缚着这些年轻忍者们的生活;在游戏中，玩家们将扮演继承传说忍者「风魔小太郎」一族血脉的「风间在」，从小被当成普通人养育长大的他，如今则是因为身为忍者的父亲死亡而投入忍者世界。

　　原本只是普通人，如今则是继承与支配忍者世界的「将军」其中之一「北条」的血盟的主角，将进入「忍者学园东京分校」(忍ノ学园东京校)就读，并与继承各种忍者血脉的人们相遇，而等待着他的宿命的，又将会往怎样的方向发展……?